这个故事发生在米罗（詹姆斯·阿诺德·泰勒 James Arnold Taylor 配音）和齐达（克里·萨莫 Cree Summer 配音）留在亚特兰提斯之后，当几艘货船在亚特兰提斯北方的海域遭受攻击时，两人和前来探险的小组展开了调查，却发现攻击者并非机械龙虾，而是其他神秘的力量。在渡过这次危机后，齐达决定找出如何最大限度地利用魔幻水晶的方法。她与米罗以及探险队员一同踏上了旅程，希望揭开事件背后的谜团。他们面临着一个重要的抉择，是将魔幻水晶运用起来，还是永远将其隐藏。在寻找答案的过程中，他们遭遇了各种挑战和危险，他们必须面对自己内心的矛盾和观念之争，同时也要权衡利益和可能带来的后果，这个决定将决定亚特兰提斯的未来和他们自己的命运。

亚历克斯（卢克·威尔逊 Luke Wilson 饰）是一个失败的作家，由于负债累累，追债人在教训了他一顿后砸掉了他用以谋生的电脑，并且警告他，如果不能在一个月内还清债务，他的性命将面临危险。好在亚历克斯的脑中已经有了一个他自认为精妙的构思，无奈没有了电脑，他只得雇佣了速记员艾玛（凯特·哈德森 Kate Hudson 饰）协助他完成创作。没想到艾玛竟然是个个性固执的女人，对于亚历克斯的叙述，她总是会提出这样或是那样的反对意见，让亚历克斯抓狂的是，艾玛所提出的构思似乎才是正确和有趣的。就这样，在矛盾和争吵之中，亚历克斯的小说创作还算顺利的进行着，眼看着大限将到，他能够顺利完成吗？