延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。

莫瑞在父母死后，独自照顾妹妹艾达和弟弟杰伊，日子过的很不顺畅。他不仅要处理妹妹和弟弟不断制造出的麻烦，对于自己的生活和事业也产生怀疑，不知道这样烦躁的日子什么时候才能结束。

爱德华国王和佩吉王后开始了他们的蜜月。

皮特（史蒂夫•茨恩 Steve Zahn 饰）的父亲生前是一档动物节目《陌生荒漠》的主持人，父亲的风格稳重幽默，颇受欢迎。但一切在皮特接手这档节目后都改变了，首先是播出时间从黄金档挪到了夜里三点，竞争对手皮尔斯一伙儿也频频发难，观众不停投诉皮特节目中安插的无厘头血腥暴力画面和毫无逻辑的解说词，更要命的是，皮特的团队根本是一个怪人大集合：瘾君子摄影师朱尼尔（贾斯汀•朗 Justin Long 饰），毒舌胖子库克（乔纳•希尔 Jonah Hill 饰）等人只能制作适合在火星播出的电视节目。皮特的节目眼看要被电视台抛弃，这时父亲的老友比尔向他们提供了南美“大脚怪”的线索，希望靠大脚怪挽救《陌生荒漠》的皮特一伙前往南美，用最疯狂的方式制作最疯狂的野外动物节目……©豆瓣