自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
少年田劲的父母早年为了将西医带入藏地做出了无数的牺牲，由于无法适应高原的生活，田劲的妈妈带着尚在襁褓中的儿子返回内地，爸爸拉格巴则在高原继续着他的事业。数年过后，妈妈病故，无依无靠的田劲来到高原寻找爸爸，然而心中却藏着无数的怨恨。拉格巴终日忙碌行医，任凭儿子自行学习牧羊。某天，田劲遭到狗熊的威胁，幸亏一只金色的藏獒相助，后来更因种种机缘让他与这只名叫多吉的藏獒成为最亲密的朋友。与此同时，草原上出现了专门残害生灵的恶魔，牧民的平静生活被彻底打破……
