自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
本季延续一辆专属于阳光森林幼儿园的人工智能校巴与小朋友们的故事。“小朋友的安全由我来守护”，每当小朋友们陷入麻烦，百变校巴都会变身消防车、警车、救护车、救援艇和飞机赶到现场出手相助。随着故事的发展，小朋友们也逐渐学会更多安全教育与情绪管理等知识。
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当雪村千鹤来到江户时代的京都寻找她失踪的父亲时，她目睹了新选组（幕府的秘密警察和所谓的维和人员）的疯狂成员进行的血腥谋杀。
故事发生在小嗝嗝与没牙仔分开的五年之后，博克岛一年一度的亲衣节又到了，然而随着小嗝嗝的孩子们的长大，对龙与人曾经那段真挚而深刻的友谊只能通过父母的言语来了解，不免产生了质疑，小嗝嗝为防止孩子们对龙的误解，又能想出怎样的妙招呢？
“名侦探柯南系列”第23部动画剧场版，票房和口碑也屡破纪录。作为平成年代最后一部柯南电影，首次将案件发生地设立在海外，基德时隔四年后再度回归，与柯南合体展开行动。
