《康熙微服私访记3》沿袭前两部借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，分为“锦袍记”、“食盒记”和“铃铛记”三个单元故事组成。“锦袍记”中康熙（张国立饰）派大太监三德子（赵亮饰）回故里调查贪官一事，然而当牵扯进亲情之后事情开始变得难以取舍；“食盒记”由宜妃（邓婕饰）的亲戚噶礼送的食盒引发；而在“铃铛记”中，康熙竟然独身离宫，当起了普通老百姓。

江晓歌和赵耀根出生不同的家庭，他们的相爱遭到家庭的反对。江父告诉女儿：耀根之父是晓歌亲生母亲的杀人凶手。晓歌忍痛与耀根决裂。晓歌的弟弟晓欧因犯错被判入狱，耀根出于对晓歌的爱和替父还债的心理，毅然替晓欧顶罪入狱。出狱后，二人结婚。婚后，耀根因无法忍受单位的歧视与晓歌远走深圳。几年后，耀根腰缠万贯的回来了。由于地位的转变，导致他与晓歌的感情破裂。离婚后，双方又重新认识对方，正当准备复婚的时候，不幸发生了，他们的小女儿被绑架，在交换人质时，耀根不幸中弹……