日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。
　　但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面…

唐僧师徒四人前去西天取经，途经荒山野岭，巧遇一位破衣烂衫和尚，要他们师徒捎带一些羊皮背囊交与如来佛祖。此背囊所装之物，谓“有即是无，无即是有"，只要你心中想要什么，就会有什么，实为一件非常神奇的法宝。但和尚要唐僧师徒下以诚信保证，就是在把背囊交给如来佛祖之前，无论遇到什么，都不许打开，更不能盗用囊中之物。唐僧师徒一口应承。临走前，和尚把用来打开背囊的口诀分三句分别告诉孙悟空、猪八戒和沙和尚。师徒一行重又上路。小牛王得知此事，对背囊垂涎欲滴，召集天神天将后代，执意占为已有。小牛王乃牛魔王和铁扇公主的娇养独子……

從片名【變身國王２：高剛外傳】可知，原本邪惡女祭司 Yzma 的那位傻大個助手 Kronk 將有大表現了，其實這角色當初意外成為全片最喜愛的角色，配音者 Patrick Warburton 還因本片被讚為該年度最佳喜劇表演，如今居然以配角之姿推出後續作品，真是傻人有傻福！本片的故事敘述 Kronk 當初幫助 Kuzco 國王復位，也讓自己脫離 Yzma 的暴虐統治，如今 Kronk 在王國中不但成為當地餐廳的主廚，而且還是童軍團的領隊，甚至在他生命中還出現心儀的女生 Birdwell，日子過得十分得意。不料有一天，他聽到父親即將來訪，這讓他分寸大亂，原來 Kronk 跟父親 Papi 之間關係不太投緣，Kronk 一直希望得到父親的認同，但 Papi 卻對兒子百般挑剔。如今聽到父親即將來訪，Kronk 心中忐忑不安，決定使出渾身解數贏得父親的歡心。他的朋友們也都鼎力相助，就連 Yzma 也在一旁幫忙出餿主意，但卻趣事連連、爆笑不斷。

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…
　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…
　　兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！

故事发生在第二次世界大战中，由于无线电通信已经不安全，所以英国军方开始训练军鸽，利用他们来和法国地下抵抗组织和盟军进行通讯。野鸽子“勇士”看到这么多同类为国出力，也跃跃欲试。于是，“勇士”想尽办法混到了军鸽中，未经过训练的“勇士”和其他军鸽相比显得有些力不从心。但事有凑巧，“勇士”接到二战中最严峻的任务，把诺曼底登陆的情报送到盟军手中。面对敌军凶狠的军用猎隼，“勇士”能否顺利完成任务？

分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。