影片《水母眼》是村上隆根据自己孩提时的一个梦境为原型创作的影片，村上导演希望观众可以通过观看这部影片回忆起自己的小时候的梦。故事围绕一名叫正志的小学生展开，小学生正志搬家的时候在一个盒子里发现了神秘的生物，他非常喜欢这个神秘生物并给它取名叫“水母宝宝”。正志搬家后转入了新的学校，一天，他带着“水母宝宝”一起去上学，没想到同班的同学们也带了大人们都看不见的神秘生物“朋友”来到了学校……。另外，担任创作《水母眼》主题曲的创作者是曾经因为Google Chrome创作主题曲《Tell Your World》而声名鹊起的KZ。

　　前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。                                                                    　　在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

因丈夫在外和情人有了孩子，婚后多年未能生育的百合子（永作博美 饰）在提交了离婚申请书后，只身落寞返回故乡。此前不久，她的继母乙美刚刚过世，失去妻子周到照顾的老父亲热田良平（石桥莲司 饰）凄凉内疚。乙美生前曾照顾许多内心有各种障碍的孩子，绰号小芋的女孩井本幸惠（二阶堂富美 饰）正是其中一员。她此前受乙美所托，开心满怀地来到热田家，找到乙美生前制作的漫画笔记，要给逝者办一场热热闹闹的七七聚会。小芋和巴西人后代春乃助（冈田将生 饰）相继到来，令这对沉浸在悲伤气氛中的父女慢慢振作起来。                                    
                               他们回忆着乙美生前的点点滴滴，在逝者最后的悉心关怀下，朝着幸福的明天迈进……

神秘的沙尼达尔之花，在美丽女性的胸口恣意绽放。将花朵取下并提取有效养分之后，可以制成效果极其明显的特效药。一家名为“沙尼达尔”的机构随之建立，该机构从全国各地网罗来那些为数极少的可以培育沙尼达尔之花的女性，为她们提供了高达一亿日元的报酬以及周到舒适的生活环境。治疗专家美月响子（黑木华 饰）与植物学家大泷贤治（绫野刚 饰）在该机构邂逅，在与田村友里惠（伊藤步 饰）、美本美树（山下莉奥 饰）、立花遥（刈谷友衣子 饰）等女性的接触过程中，他们渐渐了解到沙尼达尔之花的危险之处，而两人之间某种感情也悄然萌生。

　　九个月前，正值而立之年的内海薰（柴崎幸 饰）突然接到远赴美国俄克拉何马州研修的通知，情知自己正成为警界可有可无之人，薰在焦虑烦恼的同时也暗下决心要干出一番业绩。就在此时，机会从天而降。在街上执行任务时她偶然发现一名看护师用轮椅推着早已死亡的老人，进一步调查发现看护师上念研一（中山裕介 饰）竟是长野县通缉的在逃犯。在薰的面前，上念供诉了杀害主家女儿的经过。风光得意的薰在公众和同侪的注视下担当押送嫌犯的重任，谁知上念抵达长野后推翻了之前的供词，令内海陷入窘境。在此之后，他只得与新人当摩健斗（柳乐优弥 饰）联手调查，却意外探知到九年前的一起冤案。                                                                    　　内海薰最后的案件，朝向未知的方向推进……