父亲突然去世，正就读高中的女孩木村初实（吉仓葵 饰）随母亲惠子（朝加真由美 饰）搬到了之前在郊外预定的新房子居住。惠子是一名干练独立的律师，因此日常无瑕过多照顾初实的起居，顾忌到上下学的安全，惠子要求女儿及早停止田径部的活动，这让初实内心有如打翻了五味瓶一般。这天早晨，初实偶然结识了处理垃圾的青年野口隆太郎（柳乐优弥 饰）。隆太郎没有父母，从小在孤儿院长大，他独自一人艰难前行，而初实的出现似乎给了他别样的感觉。两个有着不同背景的年轻人建立了纯洁的友情，然而惠子严格的家教却让两个年轻人之间出现了波折和裂痕。在那个夜晚，隆太郎没能抑制内心的冲动，他跨越了两人之间的界限……

高中生结城理（石田彰 饰）自幼父母双亡，在过去的十年里他一直寄宿在郊外的亲戚家。这一天他返回而是居住的地方，转学进入当地的学校——私立月光馆学园高中部。某天，结城意外遭到神秘怪物的袭击。传说一天和一天之间隐藏着鲜为人知的“影子时间”，而怪物就是栖息在影子时间内的Shadow。由于受到攻击，结城体内足以和Shadow对抗的能力Persona突然苏醒。在此之后，他被介绍加入了云集着许多拥有Persona能力持有者的特别课外活动部。这群怀着各种各样想法的年轻人坚持不懈追寻着影子时间的真相，而等待他们的却是令人难以想象的残酷命运！

接二连三的爆炸案让生活在东京的人们陷入恐慌之中，行事莽撞的资深刑警茶屋（江口洋介 饰）带领下属追查真凶，结果在某个偏远所在遭遇爆炸事件，随后于现场发现了自称铃木一郎（生田斗真 饰）的神秘男子。铃木举止冷静异常，茶屋随后拜托有过一面之缘的精神科医师鹫谷真梨子（松雪泰子 饰）对铃木精神状况进行判断。通过极其严格缜密的鉴定，真梨子发现铃木其人全无痛感，各项指标罕见般地平均，行住坐卧极为规律，有如一台精密的仪器。她和茶屋尝试调查铃木的身世，解开陈列在眼前的谜题。与此同时，绿川（二阶堂富美 饰）和由利亚（太田莉菜 饰）两个疯狂女子监视着铃木、茶屋和真梨子等人的行踪，将事件推向难以控制的地步……