在与艾奥的殊死战斗中获胜后，达里尔作为吉恩残余部队的一员来到地球。他正在执行一项情报任务，以获取有关被盗的 Psycho Zaku 的信息。与此同时，当艾欧和她的新战友们一起参加雷霆行动时，她遇到了自称是南海联盟边境警卫队指挥官的中校佩尔。吉恩、联邦、南海联盟三方的机动战士战斗在海底、冰原、丛林中展开。战争尚未结束。

莉拉16岁的早晨，就跟往常一样，不小心贪睡了一点，但今天稍微有些不一样，没人敲她房门催促她快点起床。等她终于清醒，却遍寻不着她的父母。莉拉出门却发现不但邻居、整个小镇、社区甚至整个城市，都找不到半个活生生的人影，所有的人都消失了。面对宛如世界末日的情景，莉拉陷入了自己是某场灾难唯一幸存者的恐慌，然而，在她跌跌撞撞的同时，她终于和其他4名青少年相遇了……5名少年少女试着在寂静无声的世界生存，然而，究竟是什么原因带走了其他人？又有什么潜伏在暗处，兴味盎然地观察着他们呢？

凯撒（安迪·瑟金斯 饰）领导的猿族将被迫与残暴的Colonel（伍迪·哈里森 饰）领导的人类军队上演一场生死大战。猿族在战斗中遭遇了前所未有的重创，由此激发了凯撒内心中黑暗的一面，心中燃起复仇的烈火。最终，凯撒与Colonel面对面进行了一场关乎猿族和人类命运的终极之战。