一个神秘的军事组织，通过改变基因将普通人改造为体能、反应和速度都远远高于常人的生物武器，并将它们贩卖给黑帮组织。强风（安志杰 饰）就是其中的一员，可是，善良的他并不愿意助纣为虐，而是选择逃离了组织的控制，化身为惩恶扬善的“黑侠”，在世界各地弘扬正义。军事组织的首领宙斯得知了强风逃跑的消息，派出了冷血残酷的杀手梁，想要将强风捉拿归案。与此同时，一位疯狂的科学家企图将人类和动物的基因结合在一起创造出新的物种，结果可想而知，他得到的是一群半人半兽的怪物。科学家得知强风的血液能够帮助他走出研究的困境，于是亦对强风展开了追捕。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。