蝙蝠侠和他的盟友们从过去回来后仅仅一天就发现世界已经和他们离开时大不相同了。整个日本岛不复存在，正义联盟的英雄们也不复存在。但他们还没来得及弄清楚发生了什么，黑帮就开始从天而降。

京平是日本一个名为“SEEK”的秘密非政府间谍组织的刺客，他的女友在一场悲惨的空难中丧生，他正沉浸在失去爱人的悲痛之中。此时，“SEEK”的领导人三云亮联系他，委托他执行一项紧急任务：营救一名同事，找回一种名为“RDX@”的新型高爆炸性液体，并阻止残暴的黑道头目小月惣治郎及其团伙控制日本。虽然人们一度认为忍者已经消失……但新一代的刺客依然存在，他们守护着日本和一切正义；忍者即将回归。

在钦奈举行的一场历史性的国际板球测试赛上，三个人的世界发生了碰撞，最终迫使他们做出改变人生的艰难决定。