超级盗贼集团The Works的老大托马斯•道森（尼克•泰特 Nick Tate 饰）即将归隐，在选拔继承人的晚宴上，突然一伙不明身份的暴徒闯了进来大开杀戒。托马斯被一向与鲁邦（小栗旬 饰）势同水火的迈克•李（言承旭 饰）劫持，之后更被其同伙杀害。一年后，鲁邦三世遭到峰不二子（黑木明纱 饰）的暗算被钱形警部（浅野忠信 饰）抓获。钱形向其透露了迈克的下落，以及迈克手中的光之项链和黑社会帝王普拉穆克（Nirut Sirichanya 饰）手中的深红宝石的交易信息。巧妙逃脱的鲁邦集结了不二子、次元大介（玉山铁二 饰）、石川五卫门（绫野刚 饰）、皮埃尔（金俊 饰）等人，准备将埃及艳后的绯红之心双双盗取。

为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手...