仁村雄二（小田切让饰）和有田守（浅野忠信饰）是好朋友，同在一家工厂打工。守养了一只红色的水母作宠物，这只闪闪发亮却是有着剧毒的生物。一天，他们的老板来到公寓，伸手去逗水母，守有意阻止了雄二的警告。被水母弄伤的老板恼羞成怒把守解雇了，结果是守先雄二一步去发泄怒火。守被捕入狱，他委托雄二照顾水母。

由于丈夫凯尔•威廉姆斯（道格雷•斯科特 Dougray Scott 饰）的不忠，美丽的达莉娅（詹妮弗•康纳莉 Jennifer Connelly 饰）最终选择离婚。长时间的婚姻大战和子女抚养权的争夺让她疲惫不堪，当一切尘埃落定之时，达莉娅带着女儿赛西（艾瑞尔•盖特 Ariel Gade 饰）搬到纽约的路斯维特岛郊区，决定开始崭新的生活。

终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了！威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出现……