死神硫克把一本“死亡笔记”遗落人间，被天才少年夜神月（藤原龙也 饰）拾到，月利用“死亡笔记”制裁了许多法律的正义无法制裁的犯人，他自称以“KILLER =基拉”为名的“救世主”，利用自己的双手制裁犯罪者，构筑理想中的世界；一连串杀人事件引起了ICPO（国际刑警组织）的注意，派出了天才侦探L（松山健一 饰）进行调查，步步逼近，和月斗智斗勇……两个自认代表正义的天才的对决。

故事发生在地处偏远的夜美岛之上，作家真一（森本雷欧 饰）带着女儿由贵（市川由衣 饰）和儿子英夫（西山润 饰）来到此处暂住，尽管岛上风光秀丽民风淳朴，但由贵还是没有来的对这个地方充满了厌恶之情。森林附近阴森的铁塔，好心少女诡异的警告，令人汗毛倒竖的刺耳警报，一切的一切都似乎在昭示着，这个岛屿上正在发生一些不对劲儿的事情。偶暗中，由贵发现了一份神秘的手记，手记上记载了夜美岛的秘密——29年前，岛上全部的居民在曾一夜之间全员离奇失踪。黑暗的历史被解开，死魂曲响起之时，身处漩涡中心的由贵能否保护父亲和弟弟，在几乎无法逃脱的阴谋和击杀之中幸存呢？

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单亲家庭，年幼的女儿小桃（清水萌萌子 饰）身染重病，无法下床。疼爱她的父亲久保田光一郎（田口トモロヲ 饰）每天下班都会为女儿带来一本他亲手绘制的童话书。这一本本童话书无关王子和公主，无关浪漫和美梦，里面充斥着凶杀和血腥，这是光一郎亲身杀害无辜女性后创作出来的自白书。小桃被书中恐怖与神秘的气氛所吸引。 另一方面，具有预知能力的小男孩（小林翼 饰）为噩梦所困扰，他相信自己不久于人世，姐姐阿泉（涉谷飞鸟 饰）为了拯救弟弟想尽办法…… 根据著名漫画家楳图一雄同名作品改编。

上篇中，夜神月（藤原龙也 饰）设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L（松山健一 饰）对他的怀疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。 与死神硫克个性迥异的死神雷姆把另外一本“死亡笔记”扔到人间，得到它的是极度崇拜“基拉”的少女弥海砂（户田惠梨香 饰），她还以一半性命为代价得到了夜神月所没有的死神之眼。并主动和夜神月联系，答应协助他除掉L，条件是让月做自己的男朋友。聪明的L先发制人，将弥海砂关进了基拉对策室，夜神月为了救弥海砂，也为了自保，想到了一个绝妙的办法。 同时，因为跟踪报道“基拉”事件而风头大劲的樱花电视台发生了一连出人意料的事情，主播高田清美（片濑那奈 饰）追踪基拉的过程中发现了不为人知的秘密，随即第三名基拉出现了...... 两个死神，两本“死亡笔记”，三个基拉，一切扑朔迷离；两个算无遗漏的天才，谁最终能够洞悉事实的真相？谁才是“死亡笔记”上最后的名字