神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
三名成为孤儿的武术家与一名美国缉毒局探员以及一名墨西哥联邦警官联手行动，誓要为他们死去的敬爱导师复仇。
时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
听说慎邑私塾要新来一位老师，这位老师还是管子的后人，大家都十分紧张。一天，私塾来了一个白胡子老头和一名书童，大家理所当然地认为这就是新来的不管老师了。没想到，细心的甘罗发现，这老头举止十分蹊跷。经过一番勘察才知道，他们其实是两个江洋大盗——甄糊涂和贾机灵，那么，真正的老师又在哪里呢？原来，这其中，还有真正的老师设下的一个计谋……
官方宣布剧场版
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彩色坏蛋出来捣乱时，8岁的佐伊就会变成儿童超级英雄——星星光束，每一天她都忙着化险为夷、化解危机。
圣血天使的攻击巡洋舰“巴尔之剑”号悬挂在尼亚德斯星球的轨道上，被亚空间风暴困住。舰上的星际战士们对他们的无所作为感到恼火。他们的指挥官奥菲欧舰长前往地表调查一个神秘信号，但由于大气信号失真，他和他的仪仗队无法联系到。与此同时，“巴尔之剑”号的舰长，舰长莉维亚·索尔肯，不得不应对尼亚德斯轨道塔的阻挠和干扰。塔上的权威人士究竟在试图向圣血天使们隐瞒什么秘密？
解放封印，额头出现龙之纹章时，新的真王传说即将宣告开始！这时代出生的摩陀罗，在其出生时的声音同时将魔王米洛克全身的灵力夺取，并丢往黑暗世界去。15年后，灼热的沙漠，在这养育他长大的亲人汰汰罗，将其全身装上机械装置，而摩陀罗也长大成一少年。长年的流浪，最后两人来到和平的尼索之社，并和麒麟相遇，这段期间也得到休息；但好景不常，米洛克的魔爪却来到了这个平和之社。村人被虐杀，连汰汰罗也身负重伤而倒地。另一方面，此刻隶属于米洛克军队的亡国之王子夏凰翔和圣邪神，也倒戈相向并脱离须弥山之控制。在与米洛克军队战斗之中，摩陀罗、麒麟和夏凰翔、圣邪神之宿命邂逅会如何发展下去？心中各有所思的他们，同时前往米洛克帝王所在之须弥山踏上旅程！
家破人亡的落魄公主李长歌踏上复仇之路。
青山君（置鲇龙太郎 配音）是富士美高中足球部的种子选手。身为前锋的他，拥有着极强的体力和爆发力，传说中，只要有他加入的球队，总会在比赛中得到最后的胜利。可是，虽然青山君十分擅长足球这项崇尚身体碰撞，尽情挥洒汗水的运动，但他本身却是一个有着极度洁癖，异常厌恶身体接触的人，甚至在竞争激烈的赛场上，青山君也要带上橡胶手套。和青山君一起拼搏的，有身材壮硕个性傲娇外冷内热的财前勋（关智一 配音）、头脑冷静擅长理性分析，仿佛军师一般存在的坂井一马（保志总一朗 配音）、拥有着使用屁股顶球的特技的冢本仁（阪口大助 配音）。
从小被咕噜收养的人类少女妖妖，与到洞中捉咕噜的张奈何相遇。为了偷回被张奈何夺走的“天雷珠”和财宝，妖妖赖在了张奈何身边，一段前世今生的甜甜感情在不知不觉中展开。
