自公元2001年，况天佑（尹天照饰）、马小玲（万绮雯饰）和他们的一班好友成功阻止女娲灭世危机后，世人度过了三年和平的日子。然而世上最后一个女神瑶池圣母（陈炜饰）为了重投人王伏羲（郑浩南饰)的怀抱，竟以红雪病毒将整个盘古灭族。天佑更是身受病毒之苦，小玲因而回到宋朝，寻找天佑前世。为了拯救生死未卜的天佑，小玲孤注一掷地踏上了征程。当天佑出现与小玲重逢时，命运却再次捉弄世人。圣母、人王二人因为命运与憎恨决定开战，马小玲、况天佑又再次肩负起救世的重任。
「孝感动天」是以四个古代感人故事，来表彰百行以孝为先之美德。演员阵容鼎盛，剧情感人肺腑。缇萦救父──缇萦（蔡少芬）自幼与父（胡枫）相依为命，侍父至孝。后其父被诬害入狱，为救父她不惜滚针床、赤足踏火炭、饮毒酒、甚至代父受刑。她的孝义终感动皇上赦免其父之罪，并废残酷不仁之五刑。精忠旗──岳珂（魏骏杰）为岳飞之后，忠心爱国，并立志替先祖翻案雪耻，后取得证据可替岳飞翻案，但为顾全先皇颜面，终以鲜血毁证物。此举感动在任皇帝下旨恢复岳家名声，岳珂继祖志显孝，名留青史。目莲救母──目莲（叶蕴仪）自幼被遗，几经辛苦，寻获生母刘青提（魏秋桦），惜其母因杀人被判入狱，后得怪病而死，被困地狱。目莲为救母竟打破地狱门，舍身割肉喂鬼，令其母感动忏悔，令天地为开，修成正果。赵氏孤儿──赵武（罗嘉良）本为忠臣良将之后，因其父被奸臣所害，遭灭门惨变。武为忠仆程婴（刘江）所救并抚养成人，婴为助武诛仇人，更不惜牺牲自己。后武感念养父子之恩，以上卿身分将婴灵位奉养于赵家祠，孝顺之心可昭日月。
唐泰(朱瑞棠)一家以经营凉茶铺为业，由母亲「妈打」李淑德(邓碧云)掌握财政大权。夫妻与三子一女同住，长子贵全(郭锋)虽为养子，但获「妈打」信任，打理凉茶铺；二子家伟(颜国梁)娶了思想开放的胡玉河(林建明)，河常与「妈打」有小冲突；三子家礼(罗嘉良)个性软弱，「妈打」对他管教严谨；四女嘉文(姚正菁)为唐家掌上明珠，深得各人宠爱。泰之妹丽珠(卢宛茵)为人贪财多嘴；泰与弟仁(卢海鹏)则因上一代恩怨而不和；德之谊妹阿顺(吴浣仪)及顺之妹阿英(郑裕玲)从内地来港，而阿英欲与男友向阳(万梓良)会合，但阳却遭陷害入狱……
1993年，特技演员烈风（方中信 饰）与女友贺千惠（萱萱 饰）、好友凌克洋（林保怡 饰）前往西安旅游，却意外地在古墓中见到了幼年时的救命恩人步荆红（王菲 饰），他震惊于步荆红20年如一日的容貌并展开了调查。原来步荆红是秦朝时获得长生不老药的舞姬胭脂，孤独千年，只为寻找变 回正常人的秘方，而她不知的是，同样获得了不死之身的秦将军嬴战（单立文 饰）一直都在追寻她的下落。烈风在寻找真相的同时渐渐爱上了步荆红，而荆红却一再压抑，拒绝感情。命运交织，改名为盛世秦的嬴战终于找到了荆红，而他依然不改残暴本性，祸害人间，想尽办法拆散烈风与荆红，并且还想彻底破坏荆红成为普通人的愿望。
