故事发生在20世纪30年代的川藏一带，中甸地区的草原上，彪勇孔武的青年扎西平措（胡歌 饰）纵马奔驰。童年时发生在母亲身上的悲惨一幕，让怀着报仇念头的他跟随虫草老爹进入九龙湾当了马贼。成年后，为了救回被人抓走的虫草老爹，扎西劫走了土司多吉（巍子 饰）及其女儿勒仓卓玛（王力可 饰）。这是一场由阴谋导致的误会，却让青年和美丽的卓玛结下不解之缘。大时代背景下，川藏自然无法偏安一隅。中甸国民政府县长王大隆妖魔化共产党，策动多吉的弟弟桑吉（多布杰 饰）篡夺土司位置，阻止红军进藏。
因为宫中迎来美丽多情的回族公主香妃（刘丹），乾隆（张铁林）心情大好，然而他却没本事将这种好心情传递，并非自愿入宫的香妃一心惦念的只是之前的恋人。香妃的不幸遭遇引起小燕子的极大同情，在福尔康（周杰）、紫薇（林心如）等人的帮助下，小燕子想出妙计令香妃成功逃出宫，却因 此为她和紫薇招致杀身之祸。萧剑（朱宏嘉）、柳青（陆诗雨）等人勇劫法场将小燕子与紫薇救出，与福尔康、永琪（苏有朋）等人作过会合后开始了集体大逃亡。而宫内，乾隆和皇后各怀心机，小燕子等人的命运变得扑朔迷离。
该剧讲述了世代经营橘子产业的沈家老爷沈晏清（黄维德 饰）与六弟沈晏洲（王瑞昌 饰）同时爱上家境困顿的秀橘（关畅 饰），为了延续沈家的香火，在大太太庄惠（陈紫函 饰）的安排下秀橘嫁给了沈晏清，于是四人之间开启了一段爱恨痴缠的虐恋故事。
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20世纪40年代，宁夏，中卫县城。虽然是抗战时期，可是日本军队却没有到过中卫，县城民风淳朴，在县长马守田的治理下，百姓倒也能安居乐业。守田是北伐时期就入党的老国民党员，为人忠厚，爱民如子，最看不得鱼肉百姓，欺负乡民的勾当。偏偏新来的警察局长欧阳青据说是省政府马主席的亲信，一到任没多久，他就以剿汉奸之名抓了好多人，又大搞刑讯逼供之事，闹得个小小中卫县城乌烟瘴气，县长明知欧阳青名义上抓汉奸，实则对付共产党，他十分不满，又不好发作。
北川省检察院董处长家中突发坠楼命案，引起社会极大震动。是蓄意谋杀、还是畏罪自杀？背后隐藏着怎样的真相？法检科主任韩嵋经过缜密勘察，凭借蛛丝马迹推翻刑警队魏铭的错误判断。与此同时，国防部和总装备部的“W合金”，我国军事上唯一的冷能源绝密技术突然外泄，发明者张伟生死未卜。而年轻漂亮的《新生》杂志负责人何敏也死在了武警支队门口，死者不但全身赤裸，而且生殖器官已被掏空。内脏从下身拖了出来，此手段极其残忍的命案令社会震惊。市局严令限期破案，案件之间究竟有怎样的联系？韩嵋经过对死亡现场的缜密勘察和尸体的解剖，做出了大胆详细的推论，震惊四座。至此，真相渐渐浮出水面，可此时省检察院负责案件调查的梁伟遭杀手暗算中枪住院，女儿葛兰也被绑架，案件开始变的错综复杂扑朔迷离……我国第一部描写女法医的电视剧。该剧运用法医学知识为侦破案件提供有力、有效的证据为主线，与刑侦破案相结合，将知识性、惊险性、刺激性、趣味性、可视性融为一体，展示了一个鲜为人知的女法医的职业生涯和情感世界。
