魔王帝国从沉睡中苏醒，并开始征服地球，继承了古代穆帝国血脉的响尾神明与穆的守护神雷丁合二为一，共同对抗化石兽。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
当雪村千鹤来到江户时代的京都寻找她失踪的父亲时，她目睹了新选组（幕府的秘密警察和所谓的维和人员）的疯狂成员进行的血腥谋杀。
漂浮于东京湾上的人工岛「极东法令外特别地区」——通称“24区”。
游戏降临，世界规则重构，人类踏入全民转职时代。天才少年叶尘觉醒隐藏职业死灵法师，遭众人嘲笑其消耗寿元。然拥有不死之身的他，召唤黄金亡灵军团、骸骨巨龙，更让魔王撒旦降世，令世界震惊。
