与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
故事发生在小嗝嗝与没牙仔分开的五年之后，博克岛一年一度的亲衣节又到了，然而随着小嗝嗝的孩子们的长大，对龙与人曾经那段真挚而深刻的友谊只能通过父母的言语来了解，不免产生了质疑，小嗝嗝为防止孩子们对龙的误解，又能想出怎样的妙招呢？
主人公逸徇受父命前往上石郡，意欲收复政权，铲除清理当地掌权机关“玄天司”首领——葛覃。不料方到上石郡逸徇却倍受到冷遇，葛覃尽显地头蛇风范，逸徇第一战出师不利。恰逢此时少女十一月前来行刺葛覃。逸徇顺势借此事件还以玄天司众部颜色，宣告自己的主权。但十一月行刺未果遇险，逸徇好意救下十一月，不料却反被十一月绑至小树林。二人暗中交谈，逸徇从十一月口中了解到古族的往事，意识到可以利用古族之力与玄天司对抗，于是替十一月解毒，打算招募她为自己所用。不料玄天司黍离带领追兵包围小树林，二人陷入险境，葛覃也于此时现身。葛覃强行要带走十一月，不惜与逸徇爆发冲突，两伙人在树林大战。战斗中逸徇无意间触发自己古族的血脉，复刻了十一月的图腾，并且借助其灵力，带领重伤的十一月一起脱逃。
向井直也（榎木淳弥 配音）是一名性格异常认真的男子高中生，认真到有些可笑的地步。从小学1年级起，他就深深的喜欢上了自己的青梅竹马佐木咲（佐仓绫音 配音），并且以每月一次的频率向她告白，均以失败告终。一晃眼多年过去，直也和咲都升上了高中，终于，咲答应了直也的告白，成为了他的女友，真是可喜可贺。哪知道，就在两人刚刚顺利交往没多久，班上另一个名叫水濑渚（和气杏未 配音）的女孩也向直也告白了。认真的直也无法回避内心里涌起的莫名感情，于是，他向咲提出了一个离谱的提议——他想要在和咲以及水濑同时交往。更让人目瞪口呆的是，咲竟然答应了直也的这个提议。
阿久津栄太（あくつ えいた）は、ぼっちで陰キャのメカオタク。 そんな彼にも、心ひそかに憧れる女の子がいた。 超美人で明るい人気者のギャル?我妻マキナ（あがつま まきな）である。 そのマキナが、ある夜、栄太の家の玄関に現れる。 何やら様子のおかしい彼女が、いきなり裸をあらわにしてみせると…… そこにあったのは、人間とは異なる機械の体だった！ エッチのために作られながら、アダルト情報にアクセス制限をかけられたAIロボのマキナ。 女性には潔癖症で、どこまでもお人好しな童貞の栄太。 二人のメカバレ厳禁な同居生活が始まる！
