住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
本季延续一辆专属于阳光森林幼儿园的人工智能校巴与小朋友们的故事。“小朋友的安全由我来守护”，每当小朋友们陷入麻烦，百变校巴都会变身消防车、警车、救护车、救援艇和飞机赶到现场出手相助。随着故事的发展，小朋友们也逐渐学会更多安全教育与情绪管理等知识。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
一情景，一事件，良好的习惯和生活能力需要在婴幼儿时期奠定基础，宝宝巴士之奇妙好习惯，让孩子体会成长的快乐！今天，奇奇妙妙要教小朋友们什么呢？
