与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
当雪村千鹤来到江户时代的京都寻找她失踪的父亲时，她目睹了新选组（幕府的秘密警察和所谓的维和人员）的疯狂成员进行的血腥谋杀。
杀死勇者，杀死王者，魔兽得到了“命运之赤子”…… 拥有超越人类智慧与毁灭性力量的魔兽之王克雷巴特斯，因被接到讨伐命令的 13 位勇者所激怒，决心毁灭人类。然而，他却意外地被托付了一件麻烦至极的东西——那是一名刚刚出生不久的人类婴儿。
西行小队离散后，沙悟净下阴界救师父；白狼小羽在恐怖森林收服一虎，又在古城被石兵围困，三藏等人归来解围，三藏化解亡魂怨恨，西队亦告别故人，继续上路。
岩仓光美以全班第一的成绩从农村地区的一所小型初中进入了东京的一所高标准高中。
高中三年级的冬天。高中生活剩下的时间已经不多。这样下去总有一天会迎来毕业，任谁都是这么想的。
