特工伊森·亨特（汤姆·克鲁斯 饰）和他的IMF小组将开启迄今为止最危险的一次任务：追踪一种会危及全人类性命的新型武器，并阻止其落入坏人之手。与此同时，伊森曾对抗过的黑暗势力也正在卷土重来，整个世界的命运岌岌可危。面对神秘而强大的敌人，他不得不面对选择使命还是至爱的终极抉择。
杰西卡和她的同伴马库斯、迈克来到一座废弃的工厂。但这座失落之地最终被发现并非那么荒凉。娜塔莉亚·奥洛和她的准军事部队试图隐藏一个更大的秘密。他们会阻止任何人活着离开工厂。事情的进展最终源于一个绝望之人的邪恶计划。而杰西卡本人正是实现这个计划的关键……
芝加哥警探安·劳森（由塞缪尔·L·杰克逊饰演）与苏格兰侦探博伊德（由文森特·卡塞尔饰演）合作，追捕一名残忍的连环杀手。五年前，劳森曾调查过一系列具有相同恐怖模式的杀人案件，而现在这名施虐的杀手在苏格兰重新出现，恐慌的当地警方因此向劳森求助。这两位拥有痛苦过去的侦探必须合作，尽力在杀手再次行凶前将其绳之以法。
六名警校女菜鸟在一场淘汰赛测试中因事态超出控制拒绝服从命令而失去了进入精英团队的资格，在她们心灰意冷离开警校时，一位神秘长官突然出现，通知她们正式成为“霸王花”团队——二十五年前因任务失败而惨遭解散的组织，目前正在寻求新鲜力量重振雄风。交给她们的第一个任务就是抓住臭名昭著外号“总统”的恐怖分子，此人也是导致“霸王花”组织25年前解散的罪魁祸首。他掳走韩国的细菌专家，研究出一个透过人体高效传播的新型病毒。看似危险重重可急切想成为真正警察的六名姑娘还是毫不犹豫的接受了这一场不知生死的任务……
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正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！
生化制药厂的老板Franklin（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 饰）提供大量资金供让Susan McAlester博士（萨弗蓉·布罗斯 Saffron Burrows 饰）研究抗老年痴呆症的药物。Susan和研究小组在设备精良的海底研究中心，提取鲨鱼脑中蛋白质，注入坏死的人类脑细胞。为了可以提取到萃取更多的鲨鱼脑蛋白，Susan也同时加大了鲨鱼们的脑容量。这一举动让本来作为试验品的鲨鱼们变得更为强壮和聪明。鲨鱼专家Carter（托马斯·简 Thomas Jane 饰）因和鲨鱼们朝夕相处时发现了鲨鱼们的异样，并向Susan提出了警告，却得到了Susan的无视。终于，在最后一次验中，那些曾经沦为人类试验品的凶残鲨鱼们向人类展开报复……
西藏密宗分为黄教和黑教，黄教班禅转世投胎之后会成为灵童，而黑教班禅则转世成为天童。逆天童（卢惠光 饰）是黑教弟子，一心想要毁灭黄教一统密宗。他杀害了黄教的晓云大师（太保 饰），将他制成干尸送往布达拉宫示威。班禅（原森 饰）和密月（林正英 饰）施法使晓云大师说出了事件的真相，知晓了黑教的阴谋。 受班禅所托，密月出发寻找师兄赤飞（午马 饰），逆天童带着他的爪牙紧随其后。在此途中，密月邂逅了顽童（钱嘉乐 饰）和西藏女孩（张静如 饰），几人结为好友，谁知道遭到了逆天童和其四大护法的攻击，密月身受重伤命不久矣。直到此时，他才知道，自己苦苦寻找的灵童，竟然就是眼前其貌不扬的顽童。
时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。
距格罗姆少校抓住瘟疫医生已经一年多了，圣彼得堡已经从动乱中恢复过来，谢尔盖-拉祖莫夫斯基住进了精神病院，伊戈尔-格罗姆成了这座城市的头号名人。格罗姆少校的生活非常完美--白天，他与搭档迪马-杜宾一起抓捕罪犯，晚上则与记者尤利娅-普切尔金娜共度良宵。
飞虎队督察Mike（王敏德）被下放到环境复杂的红番区后，成为一群散漫的生番警察的领导，这群人中尤其烂鬼东（黄秋生）最让他头痛，此人曾殉私让其杀了人的黑帮好友Roy（张耀扬）潜逃，初来乍到时，Mike吃尽他带头搞的苦头。Roy的心腹图钉华（谭耀文）借大佬潜逃坐上第一把交椅 ，成为Mike等人眼中的头号敌手。
因龙卷风肆掠，一群人被困在了一家旅馆里，但他们很快发现了比龙卷风还可怕的东西——藏在龙卷风之中的一群可怕的怪物。
